Masjid Al-Amna Bausasran terletak di tengah perkampungan yang padat penduduk yang berada di wilayah kampung Bausasran dan bersebelahan dengan Kampung Macanan. Masjid ini dahulu berbentuk rumah wakaf dari keluarga Almarhum Bapak Haji Amir sekitar Tahun 1970 dengan luas 541m². Oleh para sesepuh dan Bapak H. Sahid Munahar selaku ketua Takmir diberi nama Masjid Al-Amna, yang sebenarnya merupakan singkatan dari Amal Makruf Nahi Munkar. Dalam Al-Qu’ran surat Ali Imran ayat 104 yang artinya : Hendaklah ada diantara kamu orang-orang yang selalu mengajak orang berbuat baik, dan melarang orang berbuat jahat. Amal makruf berarti menyuruh orang berbuat baik, dan Nahi Munkar berarti melarang orang berbuat yang jahat. Alhamdulillah dengan berdirinya masjid ini, masyarakat mulai menyadari bahwa pentingnya ajaran agama bagi kita semua.          

Pada tahun 1982 masjid direnovasi dengan tambal sulam sebagai pelaksana bangunan Bapak Sarmo, sehingga berbentuk masjid yang sederhana, dan ditahun tersebut masjid Al-Amna diresmikan oleh Bapak Walikota serta pimpinan Muhammadiyah Yogyakarta  dan alhamdulillah dapat wakaf tanah dari Alm.Bp.Fauzan Nuri dan Bangunannya dari Alm.Bapak Barzan Badawi yang selanjutnya digunakan untuk Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPA), namun sebelum mendirikan TPA dari beberapa remaja masjid melakukan study banding ke AMM (Angkatan Muda Muhammadiyah) kota gede dan TPA di Semarang, yang berangkat waktu itu Sigit, Zunul dan Suryadi.  Selanjutnya tahun 1991 sertifikat Masjid Al-Amna sudah jadi dan penyerahan dilakukan oleh wakil gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Paku Alam ke VIII diterima oleh Bapak H.Nadjib Sudarmawan pada upacara di Mandala Krida Yogyakarta. Mengingat perkembangan Taman pendidikan Al-Qur’an Masjid Al-Amna semakin banyak murid-muridnya, maka pada Tahun 1994 dibangun gedung TPA dengan ukuran 4 x 9 m.

Seiring dengan perjalanan waktu, perkembangan umat muslim khususnya di wilayah Bausasran kel. Bausasran  sangatlah pesat maka kegiatan masjid Al-Amna juga semakin banyak yang meliputi : sholat Jamaah Fardhu dan Sholat Jum’at, kegiatan PHBI ( Peringatan Hari Besar Islam ), kegiatan Taman Pendidikan Al Qur’an ( TPA untuk Anak-anak), kegiatan Taman Pendidikan Al Qur’an Ibu-Ibu ( Iqro), pengajian rutin, kelompok Bermain, kedai/warung, dan lain-lainnya. Pada tahun 2010 rumah timur masjid milik alm. Bapak Hasan Basri akan dijual dengan luas 574 m² dan dalam waktu satu tahun tanah tersebut dengan berbagai cara serta usaha semaksimal mungkin dapat dibeli oleh jamaah masjid Al-Amna yang tadinya tidak punya modal sama sekali, sehingga luas tanah keseluruhan 1.115 m²  sampai saat ini sudah bersertifikat atas nama perserikatan Muhammadiyah.

Pada Tahun 2015 ada informasi tentang rencana ada bantuan pembangunan masjid al-amna dari timur tengah senilai satu milyar dan sudah diumumkan serta masjid sudah diukur, namun ditunggu-tunggu selama 2 tahun tidak ada hasil dan kabarnya. Tahun 2017 ada lagi informasi dari timur tengah dan sudah diukur dan digambar, namun selama 2 tahun ditunggu juga belum berhasil, karena luasan masjid sangat luas.

Pada Tahun 2019, dari takmir juga sudah berusaha memasukkan proposal untuk pembangunan ke Yayasan Timur Tengah Al-Madina, dan nampaknya juga tidak berhasil.

Berdasar dari pengalaman tersebut maka diakhir tahun 2021 takmir masjid al-amna  bermaksud untuk membangun komplek masjid ini, selanjutnya di bentuklah panitia pembangunan kompleks masjid Al-Amna yang terdiri dari unsur takmir, jamaah dan panitia untuk merencanakan pembangunan komplek masjid al-amna dan panitia bekerja sama dengan CV Tompo Gawe/Doma Living House sebagai perencana sekaligus pelaksana, mulai bulan Januari awal tahun 2022 pembangunan mulai dilaksanakan. Dari luasan tersebut dapat direncanakan beberapa kebutuhan komplek masjid ini dengan total nilai Rp. 5.011.940.000, ( Lima milyard sebelas juta sembilan ratus empat puluh ribu rupiah ) terdiri dari dua gedung TPA, masjid dan tempat wudhu. Alhamdulillah saat ini untuk satu gedung TPA dua lantai sebelah timur sudah selesai dan untuk gedung TPA sebelah barat proses pembangunannya dan alhamdulillah sudah terkumpul dana sekitar Rp 1,7 M sudah tersedia.

Pada bulan september tahun 2022 sudah dapat dimulai pelaksanaan proses pembangunan masjidnya, untuk masjid sendiri lantai 1 dan 2 luas kurang lebih 510 m² dengan biaya sekitar Rp 3.600.000.000,- ( Tiga milyard enam ratus juta rupiah ), dan saat pembangunan ini baru ada dana untuk masjid sekitar Rp 400 juta rupiah, oleh karena itu kami mohon doa dan restu dari jamaah semua, semoga rencana pembangunan komplek masjid Al-Amna dapat terealisasi.